这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅simplifyEnrichment。
Bioconductor版本:3.12
削减(二进制)新方法,提出了有效的集群方面进入组语义相似度矩阵。走在每个集群可视化方面的总结词云。
作者:Zuguang顾
维护人员:Zuguang顾< z。顾在dkfz.de >
从内部引用(R,回车引用(“simplifyEnrichment”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“simplifyEnrichment”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“simplifyEnrichment”)
HTML | R脚本 | 简化功能富集的结果 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 聚类,去,GeneSetEnrichment,软件,可视化 |
版本 | 1.0.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(0.5年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 3.6.0),BiocGenerics、网格 |
进口 | GOSemSim,ComplexHeatmap2.5.4 (> =)circlize,GetoptLong,消化,tm,GO.db,org.Hs.eg.db,AnnotationDbi,大满贯、方法、线索grDevices图形,统计,跑龙套,proxyC,矩阵,集群(> = 1.14.2) |
链接 | |
建议 | knitr,ggplot2,cowplot,mclust,apcluster,制程,dbscan,igraph,gridExtra,dynamicTreeCut,testthat,gridGraphics,clusterProfiler,msigdbr,剂量,DO.db,reactome.db,flexclust,BiocManager |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/jokergoo/simplifyEnrichmenthttps://simplifyEnrichment.github.io |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | simplifyEnrichment_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | simplifyEnrichment_1.0.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | simplifyEnrichment_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simplifyEnrichment |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ simplifyEnrichment |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/simplifyEnrichment/ |
包下载报告 | 下载数据 |