signatureSearch

DOI:10.18129 / B9.bioc.signatureSearch

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅signatureSearch。

基因表达环境搜索结合功能富集分析

Bioconductor版本:3.12

这个包中实现的算法和数据结构进行基因表达的签名(GES)搜索,并随后解释结果功能与专门的浓缩方法。

作者:玉柱Duan (cre, aut)、托马斯Girke (aut)

维修工:幼竹段< yduan004 ucr.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“signatureSearch”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“signatureSearch”)

HTML	R脚本	signatureSearch
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DifferentialExpression,去,GeneExpression,KEGG,NetworkEnrichment,测序,软件
版本	1.4.6
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6.0),Rcpp,SummarizedExperiment
进口	AnnotationDbi,ggplot2,data.table,ExperimentHub,HDF5Array,magrittr,RSQLite,dplyr,fgsea,尺度、方法、qvalue,统计,跑龙套,reshape2,visNetwork,BiocParallel,fastmatch,reactome.db,矩阵,clusterProfiler,readr,剂量,rhdf5,GSEABase,DelayedArray
链接	Rcpp
建议	knitr,testthat,rmarkdown,BiocStyle,org.Hs.eg.db
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/yduan004/signatureSearch/
BugReports	https://github.com/yduan004/signatureSearch/issues
取决于我
进口我	signatureSearchData
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	signatureSearch_1.4.6.tar.gz
Windows二进制	signatureSearch_1.4.6.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	signatureSearch_1.4.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/signatureSearch
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ signatureSearch
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/signatureSearch/
包下载报告	下载数据