塞文
doi：10.18129/b9.bioc.sevenc
该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅塞文。
CTCF基曲线的芯片seq相关性捕获计算染色体构象捕获
生物导体版本：3.12
染色质循环是真核基因组的重要特征，可以在调节靶基因的近距离物理附近中带来调节序列，例如增强子或转录因子结合位点。在这里，我们提供了Sevenc，它是使用ChIP-Seq和序列基序信息的蛋白质结合信号的R软件包来预测染色质环路事件。结合接近环锚的蛋白质的交联导致两个锚点处的芯片seq信号。这些信号在CTCF图案对以及它们彼此之间的距离和方向上使用，以预测它们是否相互作用。所得的染色质环可用于将增强子或转录因子结合位点（例如芯片seq峰）与调控靶基因相关联。
作者：乔纳斯·伊本·塞勒姆[AUT，CRE]
维护者：jonas ibn-Salem
引用（从r内，输入引用（“ Sevenc”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ sevenc”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
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Browsevignettes（“ Sevenc”）
| html | R脚本 | 塞文（Sevenc）简介 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 注解，，，，chipseq，，，，芯片，，，，分类，，，，覆盖范围，，，，DNA3STRUCTURE，，，，DataImport，，，，表观遗传学，，，，功能基因组学，，，，嗝，，，，回归，，，，软件 |
| 版本 | 1.10.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.7（R-3.5）（3年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.5），互动集（> = 1.2.0） |
| 进口 | rtracklayer（> = 1.34.1），生物基因（> = 0.22.0），GenomeInfodB（> = 1.12.2），基因组机（> = 1.28.5），iranges（> = 2.10.3），S4VECTORS（> = 0.14.4），readr（> = 1.1.0），purrr（> = 0.2.2），Data.Table（> = 1.10.4），引导（> = 1.3-20），方法（> = 3.4.1） |
| 链接 | |
| 建议 | 测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，基因组间，，，，COVR |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/ibn-salem/sevenc |
| BugReports | https://github.com/ibn-salem/sevenc/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | sevenc_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | sevenc_1.10.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | sevenc_1.10.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sevenc |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/sevenc |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/sevenc/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
