塞文

doi:10.18129/b9.bioc.sevenc

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅塞文

CTCF基曲线的芯片seq相关性捕获计算染色体构象捕获

生物导体版本:3.12

染色质循环是真核基因组的重要特征,可以在调节靶基因的近距离物理附近中带来调节序列,例如增强子或转录因子结合位点。在这里,我们提供了Sevenc,它是使用ChIP-Seq和序列基序信息的蛋白质结合信号的R软件包来预测染色质环路事件。结合接近环锚的蛋白质的交联导致两个锚点处的芯片seq信号。这些信号在CTCF图案对以及它们彼此之间的距离和方向上使用,以预测它们是否相互作用。所得的染色质环可用于将增强子或转录因子结合位点(例如芯片seq峰)与调控靶基因相关联。

作者:乔纳斯·伊本·塞勒姆[AUT,CRE]

维护者:jonas ibn-Salem

引用(从r内,输入引用(“ Sevenc”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ sevenc”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Sevenc”)

html R脚本 塞文(Sevenc)简介
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,chipseq,,,,芯片,,,,分类,,,,覆盖范围,,,,DNA3STRUCTURE,,,,DataImport,,,,表观遗传学,,,,功能基因组学,,,,,,,,回归,,,,软件
版本 1.10.0
在生物导体中 Bioc 3.7(R-3.5)(3年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 3.5),互动集(> = 1.2.0)
进口 rtracklayer(> = 1.34.1),生物基因(> = 0.22.0),GenomeInfodB(> = 1.12.2),基因组机(> = 1.28.5),iranges(> = 2.10.3),S4VECTORS(> = 0.14.4),readr(> = 1.1.0),purrr(> = 0.2.2),Data.Table(> = 1.10.4),引导(> = 1.3-20),方法(> = 3.4.1)
链接
建议 测试,,,,生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,基因组间,,,,COVR
系统要求
增强
URL https://github.com/ibn-salem/sevenc
BugReports https://github.com/ibn-salem/sevenc/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

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源包 sevenc_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 sevenc_1.10.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) sevenc_1.10.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sevenc
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/sevenc
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/sevenc/
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