芝麻
DOI:10.18129 / B9.bioc.sesame
此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见芝麻．
DNA甲基化珠晶片的合理分步分析
Bioconductor版本:3.12
用于分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列。SeSAMe提供了支持多代Infinium DNA甲基化串珠芯片分析的实用程序，包括预处理、质量控制、可视化和推理。SeSAMe具有更精确的检测呼叫、种族、性别智能网络推理和先进的质量控制程序。
作者:周婉定[aut, cre]，沈辉[aut]， Timothy Triche [ctb]， Bret Barnes [ctb]
维护:Wanding Zhou
引文(从R内，输入引用(“芝麻”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("sesame")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“芝麻”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 0.芝麻用户指南 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 1.质量控制 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 2.大数据 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 3.Minfi交互 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 4.卫生处理的数据 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 5.Horvath Mammal40阵列 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 6.鼠标数组 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DNAMethylation，MethylationArray，预处理，质量控制，软件 |
| 版本 | 1.8.12 |
| 在Bioconductor | BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.0)，sesameData、方法 |
| 进口 | BiocParallel， grDevices, utils，stringr，宠物猫，illuminaio，质量，GenomicRanges，IRanges、网格preprocessCore，S4Vectors，randomForest，wheatmap，ggplot2平行,matrixStats，DNAcopy统计数据,SummarizedExperiment |
| 链接 | |
| 建议 | 尺度，knitr，rmarkdown，testthat，dplyr，tidyr，BiocStyle，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，minfi，FlowSorted.CordBloodNorway.450k，FlowSorted.Blood.450k，HDF5Array |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/zwdzwd/sesame |
| BugReports | https://github.com/zwdzwd/sesame/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | TCGAbiolinksGUI |
| 建议我 | sesameData，TCGAbiolinks |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | sesame_1.8.12.tar.gz |
| Windows二进制 | sesame_1.8.10.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | sesame_1.8.12.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sesame |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sesame |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/sesame/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
