seqplots

doi：10.18129/b9.bioc.seqplots

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅seqplots。

使用平均图和热图沿基因组特征可视化NGS信号和序列基序密度的交互式工具

生物导体版本：3.12

Seqplots是绘制基于下一代测序（NGS）实验的信号轨道的工具，例如读取CHIP-SEQ，RNA-SEQ和DNA可访问性测定（如DNase-Seq和Mnase-Seq）的覆盖范围，例如用户指定的基因组特征，例如启动子，基因体等。它还可以从参考基因组中计算序列基序密度谱。将数据可视化为平均信号曲线图，其中显示为字段的误差估计（标准误差和95％置信区间），或者是可以使用层次聚类，K均值算法和自我组织图进行排序和聚类的一系列热图。可以使用R编程语言或基于Web浏览器的图形用户界面（GUI）来制备图。双重用途实现允许在台式机上本地运行该软件或将其部署在服务器上。Seqplots对探索性数据分析和准备可复制的出版质量图都有用。该软件的其他功能包括协作和数据共享功能以及存储预算结果矩阵的能力，这些矩阵结合了许多测序实验和具有多个不同功能的内部曲目。这些二进制文件可进一步用于生成新的组合图，运行自动批处理操作或与同事共享，他们可以调整其绘图参数而不加载实际的轨道并重新计算数字值。Seqplots在生物处理程序包上继电器，主要是在rtracklayer上进行数据输入和BSGENOME软件包，用于参考基因组序列和注释。

作者：Przemyslaw STEMPOR [AUT，CPH，CRE]

维护者：przemyslaw stempor

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ seqplots”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ seqplots”）

html	R脚本	seqplots gui
html	R脚本	seqplots快速启动
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	chipseq，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，可视化
版本	1.27.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（6。5年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.2.0）
进口	方法，iranges，，，，BSGENOME，，，，消化，，，，rtracklayer，，，，基因组机，，，，生物弦，，，，闪亮的（> = 0.13.0），DBI，，，，rsqlite，，，，plotrix，，，，字段， 网格，Kohonen， 平行，GenomeInfodB，，，，班级，，，，S4VECTORS，，，，GGPLOT2，，，，RESHAPE2，，，，栅格，，，，jsonlite，，，，DT（> = 0.1.0），rcolorbrewer，，，，rsamtools，，，，基因组签名，，，，生物管理器
链接
建议	测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，COVR
系统要求
增强
URL	http://github.com/przemol/seqplots
BugReports	http://github.com/przemol/seqplots/issues
取决于我
进口我	chipseqspike
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	seqplots_1.27.0.tar.gz
Windows二进制	seqplots_1.27.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	seqplots_1.27.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqplots
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/seqplots
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqplots/
软件包下载报告	下载统计