seq2pathway

DOI:10.18129 / B9.bioc.seq2pathway

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅seq2pathway。

小说的工具功能的基因簇(或称为通路)下一代测序数据的分析

Bioconductor版本:3.12

Seq2pathway是一种新型的工具功能基因片段(或称为通路)下一代测序数据的分析,包括“seq2gene”和“gene2path”组件。seq2gene链接sequence-level基因组区域的测量(包括单核苷酸多态性或点突变坐标)能够得分,和分数为每个样本pathway-scores gene2pathway总结基因。seq2gene分配这两个编码的可行性和non-exon地区更广泛的比只最近的一个相邻的基因,从而促进功能的非编码区域的研究。gene2pathway考虑的数量意义为通路中的基因成员相比以外的一个途径。seq2pathway的输出是一个总体结构量化pathway-level分数,从而允许一个功能解释RNA-seq等数据集,ChIP-seq GWAS,来自其他第二代测序实验。

作者:杨新安< xyang2 uchicago.edu >;本王< binw uchicago.edu >

维护者:新安杨在uchicago.edu > < xyang2贡献詹妮弗太阳< ysunn98 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“seq2pathway”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“seq2pathway”)

PDF	R脚本	R包序列
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(6年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	nnet,WGCNA,GSA,biomaRt,GenomicRanges,seq2pathway.data
链接
建议
SystemRequirements	Python3与包的未来,内置的过去。跑龙套,平分,datetime, shutil functools
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	seq2pathway_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	seq2pathway_1.22.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	seq2pathway_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seq2pathway
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seq2pathway
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seq2pathway/
包下载报告	下载数据