该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅scry。
生物导体版本:3.12
许多现代的生物数据集由小数组成,这些计数不符合标准线性高斯方法,例如主成分分析。该软件包提供了基于计数的功能选择和缩小算法的实现。这些方法可用于促进对任何高维数据(例如单细胞RNA-seq)的无监督分析。
作者:凯利街[AUT,CRE],F。WilliamTownes [AUT,CPH],Davide Risso [AUT],Stephanie Hicks [aut]
维护者:凯利街<街。
引用(从r内,输入引用(“ scry”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ scry”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Scry”)
html | R脚本 | 扫描方法的概述 |
html | R脚本 | 较大数据集的scry方法 |
参考手册 |
生物浏览 | 维度,,,,基因表达,,,,正常化,,,,委托人,,,,rnaseq,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件,,,,转录组学 |
版本 | 1.2.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.11(R-4.0)(1年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | R(> = 4.0),统计,方法 |
进口 | 延迟,,,,GLMPCA(> = 0.2.0),HDF5Array,,,,矩阵,,,,Singlecellexperiment,,,,总结性特征,,,,生物兴奋 |
链接 | |
建议 | 生物基因,,,,COVR,,,,DuoClustering2018,,,,GGPLOT2,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,tenxpbmcdata,,,,测试 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/scry.html |
BugReports | https://github.com/kstreet13/scry/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | scry_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | scry_1.2.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | scry_1.2.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scry |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/scry |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/scry/ |
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