斯克兰

doi：10.18129/b9.bioc.scran

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅斯克兰。

单细胞RNA-seq数据分析的方法

生物导体版本：3.12

实现了单细胞RNA-seq数据解释的其他功能。提供了用于分配细胞周期阶段，高度可变和显着相关基因的检测，标记基因的鉴定以及常规单细胞分析工作流程中其他常见任务的方法。

作者：Aaron Lun [AUT，CRE]，Karsten Bach [AUT]，Jong Kyoung Kim [CTB]，Antonio Scialdone [CTB]

维护者：aaron lun

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ scran”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Scran”）

html	R脚本	使用SCAN分析SCRNA-SEQ数据
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	批处理效应，，，，聚类，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，正常化，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学，，，，可视化
版本	1.18.7
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（5年）
执照	GPL-3
要看	Singlecellexperiment
进口	总结性特征，，，，S4VECTORS，，，，生物基因，，，，生物比较，，，，RCPP，统计，方法，utils，矩阵，，，，砍伐，，，，EDGER，，，，林玛，，，，生物脑，，，，Igraph，，，，Statmod，，，，延迟，，，，延迟的matrixstats，，，，生物兴奋，，，，Bluster，，，，dqrng，，，，beachmat
链接	RCPP，，，，beachmat，，，，BH，，，，dqrng，，，，砍伐
建议	测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，HDF5Array，，，，scrnaseq，，，，DynamiCtreCut，，，，deseq2，，，，单片，，，，生物酶，，，，pheatmap，，，，评分
系统要求	C ++ 11
增强
URL
取决于我
进口我	基本，，，，BAYESSPACE，，，，塞尔达，，，，染色体，，，，Citefuse，，，，MSIMPUTE，，，，管道，，，，scdblfinder，，，，SCDD，，，，Singlecellsignalr，，，，Singlecelltk
建议我	Batchelor，，，，Bluster，，，，蜂窝轨道，，，，簇发酵，，，，实验值，，，，FCOEX，，，，Glmgampoi，，，，HCADATA，，，，iseeu，，，，星云，，，，PCATOOLS，，，，Schex，，，，烤饼，，，，Simplesinglecell，，，，Singlecellmultimodal，，，，辛格，，，，Snifter，，，，飞溅，，，，Tabulamurisdata，，，，tidysinglecellexperiment，，，，TSCAN，，，，Velociraptor
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	scran_1.18.7.ta​​r.gz
Windows二进制	scran_1.18.7.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	scran_1.18.7.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scran
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/scran
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/scran/
软件包下载报告	下载统计