此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见scoreInvHap.
Bioconductor版本:3.12
scoreInvHap可以得到已知反演样本的反演状态。scoreInvHap使用SNP数据作为输入,需要以下关于反演的信息:不同单倍型的基因型频率、区域SNP与反演状态之间的R2以及参考中的杂合子基因型。该包包含21个逆序的数据。
作者:Carlos Ruiz [aut, cre], Dolors Pelegrí-Sisó [aut], Juan R. Gonzalez [aut]
维护者:Carlos Ruiz < Carlos . Ruiz at isglobal.org>
引文(从R内,输入引用(“scoreInvHap”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scoreInvHap")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“scoreInvHap”)
超文本标记语言 | R脚本 | 用scoreInvHap进行基因分型 |
参考手册 | ||
文本 | 许可证 |
biocViews | 遗传学,GenomicVariation,单核苷酸多态性,软件 |
版本 | 1.12.1 |
在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年) |
许可证 | 文件许可证 |
取决于 | R (>= 3.6.0) |
进口 | Biostrings、方法、snpStats,VariantAnnotation,GenomicRanges,BiocParallel、图形、SummarizedExperiment |
链接 | |
建议 | testthat,knitr,BiocStyle,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | scoreInvHap_1.12.1.tar.gz |
Windows二进制 | scoreInvHap_1.12.1.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | scoreInvHap_1.12.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scoreInvHap |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scoreInvHap |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scoreInvHap/ |
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