scoreInvHap

DOI:10.18129 / B9.bioc.scoreInvHap

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见scoreInvHap

获取预定义区域的反转状态

Bioconductor版本:3.12

scoreInvHap可以得到已知反演样本的反演状态。scoreInvHap使用SNP数据作为输入,需要以下关于反演的信息:不同单倍型的基因型频率、区域SNP与反演状态之间的R2以及参考中的杂合子基因型。该包包含21个逆序的数据。

作者:Carlos Ruiz [aut, cre], Dolors Pelegrí-Sisó [aut], Juan R. Gonzalez [aut]

维护者:Carlos Ruiz < Carlos . Ruiz at isglobal.org>

引文(从R内,输入引用(“scoreInvHap”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scoreInvHap")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“scoreInvHap”)

超文本标记语言 R脚本 用scoreInvHap进行基因分型
PDF 参考手册
文本 许可证

细节

biocViews 遗传学GenomicVariation单核苷酸多态性软件
版本 1.12.1
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证 文件许可证
取决于 R (>= 3.6.0)
进口 Biostrings、方法、snpStatsVariantAnnotationGenomicRangesBiocParallel、图形、SummarizedExperiment
链接
建议 testthatknitrBiocStylermarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 scoreInvHap_1.12.1.tar.gz
Windows二进制 scoreInvHap_1.12.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) scoreInvHap_1.12.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scoreInvHap
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scoreInvHap
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scoreInvHap/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网