scmeth

DOI:10.18129 / B9.bioc.scmeth

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见scmeth

对甲基化数据进行质量控制分析

Bioconductor版本:3.12

可以在这里找到分析甲基化数据的函数。一些函数与单细胞甲基化数据相关,但大多数其他函数可用于任何甲基化数据。该工作流程的重点是全面的质量控制报告。

作者:Divy Kangeyan

维护者:Divy Kangeyan

引文(从R内,输入引用(“scmeth”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scmeth")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“scmeth”)

超文本标记语言 R脚本 装饰图案的标题
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylationImmunoOncology预处理质量控制SingleCell软件
版本 1.10.0
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 knitrrmarkdownbsseqAnnotationHubGenomicRangesreshape2,统计,utils,BSgenomeDelayedArray(> = 0.5.15),annotatrSummarizedExperiment(> = 1.5.6),GenomeInfoDbBiostringsDTHDF5Array(> = 1.7.5)
链接
建议 BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGeneorg.Hs.eg.dbBiobaseBiocGenericsggplot2ggthemes
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/aryeelab/scmeth/issues
全靠我
进口我
建议我 biscuiteer
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 scmeth_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 scmeth_1.10.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) scmeth_1.10.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scmeth
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scmeth
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scmeth/
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