嘘

DOI:10.18129 / B9.bioc.scater

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见嘘．

基因表达数据单细胞分析工具箱

Bioconductor版本:3.12

一组工具，用于对单细胞RNA-seq基因表达数据进行各种分析，重点是质量控制和可视化。

作者:Davis McCarthy [aut]， Kieran Campbell [aut]， Aaron Lun [aut, ctb]， Quin Wills [aut]， Vladimir Kiselev [ctb]， Alan O'Callaghan [ctb, cre]

维护者:Alan O'Callaghan < Alan。Ocallaghan在outlook.com>上写道

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install(" sater ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“嘘”)

超文本标记语言	R脚本	散射器功能概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DataImport，DataRepresentation，DimensionReduction，GeneExpression，ImmunoOncology，基础设施，归一化，预处理，质量控制，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	1.18.6
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment，ggplot2
进口	统计，utils，方法，网格，gridExtra，矩阵，BiocGenerics，S4Vectors，SummarizedExperiment，DelayedArray，DelayedMatrixStats，BiocNeighbors，BiocSingular，BiocParallel，天窗，rlang，ggbeeswarm，冬青
链接
建议	BiocStyle，biomaRt，cowplot，命运，knitr，scRNAseq，robustbase，rmarkdown，Rtsne，uwot，NMF，testthat，pheatmap，Biobase
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/scater/
BugReports	https://support.bioconductor.org/
全靠我	netSmooth
进口我	BayesSpace，催化剂，celda，CellMixS，ChromSCape，截然不同的，马斯喀特，netDx，peco，pipeComp，scDblFinder，scPipe，singleCellTK，猎犬，spatialLIBD，飞溅
建议我	后面;，咆哮，CellaRepertorium，CellTrails，CiteFuse，DuoClustering2018，ExperimentSubset，fcoex，HCAData，iSEE，iSEEu，M3Drop，桅杆，mbkmeans，单片眼镜，muscData，Nebulosa，SC3，scds，schex，散粒，scMerge，scp，食物，scRepertoire，simpleSingleCell，单，激流回旋，一口，SummarizedBenchmark，TabulaMurisData，tidySingleCellExperiment，伶盗龙，waddR
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scater_1.18.6.tar.gz
Windows二进制	scater_1.18.6.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	scater_1.18.6.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scater
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scater
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scater/
软件包下载报告	下载数据