此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见scMerge.
Bioconductor版本:3.12
像所有的基因表达数据一样,单细胞RNA-seq (scRNA-Seq)数据受到批处理效应和其他不必要的变化的影响,这使得精确的生物学解释变得困难。scMerge方法利用因子分析、稳定表达基因(SEGs)和(伪)复制去除不需要的变异并合并多个scRNA-Seq数据。这个包包含scMerge管道中所有必要的功能,包括seg的识别、复制识别方法和scRNA-Seq数据的合并。
作者:林颖欣[aut, cre], Kevin Wang [aut],悉尼生物信息学和生物计量集团[芬尼]
维护者:Yingxin Lin < Yingxin。林在syney.edu.au >
引文(从R内,输入引用(“scMerge”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scMerge")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“scMerge”)
超文本标记语言 | R脚本 | scMerge |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | BatchEffect,GeneExpression,归一化,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组 |
版本 | 1.6.0 |
在Bioconductor | BioC 3.9 (R-3.6)(2年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.6.0) |
进口 | BiocParallel,BiocSingular,集群,DelayedArray,DelayedMatrixStats,分配,igraph,M3Drop(>= 1.9.4),平行,pdist,代理,ruv,S4Vectors(> = 0.23.19),SingleCellExperiment(> = 1.7.3),SummarizedExperiment |
链接 | |
建议 | BiocStyle,covr,HDF5Array,knitr,矩阵,rmarkdown,尺度,嘘,testthat,獾 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/SydneyBioX/scMerge |
BugReports | https://github.com/SydneyBioX/scMerge/issues |
全靠我 | |
进口我 | singleCellTK |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | scMerge_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | scMerge_1.6.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | scMerge_1.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scMerge |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scMerge |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scMerge/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |