scGPS

DOI:10.18129 / B9.bioc.scGPS

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见scGPS．

单细胞亚群的完整分析，从识别亚群到分析它们之间的关系(scGPS =单细胞亚群的全球预测)

Bioconductor版本:3.12

该包实现了两个主要算法来回答两个关键问题:一个SCORE(最佳分辨率的稳定聚类)用于查找子种群，然后是scGPS用于调查子种群之间的关系。

作者:Quan Nguyen [aut, cre]， Michael Thompson [aut]， Anne Senabouth [aut]

维护者:Quan Nguyen < Quan。阮在uq.edu.au>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scGPS")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scGPS”)

超文本标记语言	R脚本	单细胞全球命运亚群潜力
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，报道，DataImport，测序，SingleCell，软件
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)，SummarizedExperiment，dynamicTreeCut，SingleCellExperiment
进口	glmnet(> 2.0),脱字符号(> = 6.0),ggplot2(> = 2.2.1),fastcluster，dplyr，Rcpp，RcppArmadillo，RcppParallel， grDevices，图形，统计，utils，DESeq，locfit
链接	Rcpp，RcppArmadillo，RcppParallel
建议	矩阵(> = 1.2),testthat，knitr平行,rmarkdown，RColorBrewer，ReactomePA，clusterProfiler，cowplot，org.Hs.eg.db，reshape2，xlsx，dendextend，networkD3，Rtsne，BiocParallel，e1071，WGCNA，devtools，剂量
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
BugReports	https://github.com/IMB-Computational-Genomics-Lab/scGPS/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scGPS_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	scGPS_1.4.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	scGPS_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scGPS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scGPS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scGPS/
软件包下载报告	下载数据