scDataviz

DOI:10.18129 / B9.bioc.scDataviz

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见scDataviz．

scDataviz:单细胞数据显示和下游分析

Bioconductor版本:3.12

在单细胞世界中，包括流式细胞术、海量细胞术、单细胞RNA-seq (scRNA-seq)等，需要改进数据可视化，并为非技术背景的研究人员提供分析能力。scDataviz试图适应这个空间，同时也迎合高级用户。此外，由于scDataviz的设计方式是基于singlecelexperimental的，它具有“即插即用”的感觉，并且立即使其具有灵活性和兼容性，可以用于超越scDataviz的研究。最后，scDataviz中的图形是通过ggplot引擎生成的，这意味着用户可以轻松地“添加”特性。

作者:Kevin Blighe [aut, cre]

维护者:Kevin Blighe < Kevin at clinicalbioinformatics.co.uk>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scDataviz")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scDataviz”)

超文本标记语言	R脚本	scDataviz:单细胞数据显示和下游分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，FlowCytometry，GeneExpression，ImmunoOncology，MassSpectrometry，RNASeq，SingleCell，软件，转录
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)，S4Vectors，SingleCellExperiment
进口	ggplot2，ggrepel，flowCore，umap，修拉，reshape2，尺度，RColorBrewer，corrplot，统计，grDevices，图形，utils，质量，matrixStats、方法
链接
建议	PCAtools，cowplot，BiocGenerics，knitr，kableExtra
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kevinblighe/scDataviz
BugReports	https://github.com/kevinblighe/scDataviz/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scDataviz_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	scDataviz_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	scDataviz_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDataviz
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scDataviz
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scDataviz/
软件包下载报告	下载数据