scDD

DOI:10.18129 / B9.bioc.scDD

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见scDD

单细胞RNA-seq数据的混合建模,以识别具有差异分布的基因

Bioconductor版本:3.12

这个包实现了一种方法来分析单细胞RNA序列数据利用灵活的狄利克雷过程混合模型。具有不同表达分布的基因被分为两种情况之间的几个有趣的差异模式。该包还包括用于模拟具有负二项分布的这些模式的数据的函数。

作者:Keegan Korthauer

维护者:Keegan Korthauer < Keegan at stat.ubc.ca>

引文(从R内,输入引用(“scDD”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scDD")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“scDD”)

PDF R脚本 scDD快速入门
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 贝叶斯聚类DifferentialExpressionImmunoOncologyMultipleComparisonRNASeqSingleCell软件可视化
版本 1.14.0
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 3.4)
进口 字段mclustBiocParallel离群值ggplot2EBSeq手臂SingleCellExperimentSummarizedExperiment, grDevices,图形,统计,S4Vectors食物
链接
建议 BiocStyleknitrgridExtra
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/kdkorthauer/scDD
BugReports https://github.com/kdkorthauer/scDD/issues
全靠我
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建议我 飞溅
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 scDD_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 scDD_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) scDD_1.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDD
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scDD
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scDD/
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