衬衣

DOI:10.18129 / B9.bioc.sarks

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见衬衣．

后缀阵列核平滑用于相关序列基序和多基序域的发现

Bioconductor版本:3.12

后缀数组核平滑(见https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/35/20/3944/5418797)，或SArKS，识别序列基序，其存在与分配给序列(如基因启动子)的数值分数(如差异表达统计)相关。SArKS平滑序列相似性，根据基于完整输入序列集的后缀数组中的位置进行量化。第二轮平滑序列内的空间接近揭示了多主题域。然后可以根据mmd内的邻接性合并或扩展发现的图案。假阳性率由排列试验估计和控制。

作者:Dennis Wylie [aut, cre]

维护者:Dennis Wylie

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("sarks")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

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PDF	R脚本	sarks-vignette
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，FeatureExtraction，GeneExpression，GeneRegulation，MotifDiscovery，RNASeq，软件，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(1年)
许可证	BSD_3_clause +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	rJava，Biostrings，IRanges， utils，统计，集群，binom
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，ggplot2
SystemRequirements	Java (>= 1.8)
增强了
URL	https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/35/20/3944/5418797https://github.com/denniscwylie/sarks
BugReports	https://github.com/denniscwylie/sarks/issues
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构建报告

包档案

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源包	sarks_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	sarks_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	sarks_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sarks
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sarks
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sarks/
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