sangeranalyseR

DOI:10.18129 / B9.bioc.sangeranalyseR

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见sangeranalyseR．

桑格分析器:R中桑格序列数据分析的一套函数

Bioconductor版本:3.12

这个包构建在sangerseqR上，允许用户从Sanger测序读取的集合中创建contigs。它为许多常用的操作提供了广泛的选项，包括读修整、检测次要峰值和使用引用序列检测索引。所有参数都可以在R或相关的Shiny应用程序中进行交互调整。有大量的在线文档，该软件包可以输出详细的HTML报告，包括色谱图。

作者:Rob Lanfear < Rob。lanfear在gmail.com>， Chao宽皓howard在gmail.com>

维护人员:Kuan-Hao Chao

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("sangeranalyseR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“sangeranalyseR”)

超文本标记语言	R脚本	sangeranalyseR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，GUI，遗传学，预处理，质量控制，SangerSeq，测序，软件，可视化
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.6.0)，stringr，猿，Biostrings，解读平行,reshape2，phangorn，sangerseqR，gridExtra，闪亮的，shinydashboard，shinyjs，data.table，情节，DT，zeallot，excelR，shinycssloaders，ggdendro，shinyWidgets，openxlsx、工具、rmarkdown，kableExtra，seqinr，BiocStyle，日志记录器
进口
链接
建议	knitr，testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	sangeranalyseR_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	sangeranalyseR_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	sangeranalyseR_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sangeranalyseR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sangeranalyseR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sangeranalyseR/
软件包下载报告	下载数据