samExploreR

DOI:10.18129 / B9.bioc.samExploreR

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见samExploreR．

samExploreR包:高性能读摘要计算向量与测序深度缩减模拟可用

Bioconductor版本:3.12

该R包是为子采样程序设计的，以模拟降低测序深度的测序实验。该软件包可用于分析所有主要测序平台产生的数据，如Illumina GA, HiSeq, MiSeq, Roche GS-FLX, ABI SOLiD和LifeTech Ion PGM质子测序仪。它支持多种操作系统，包括Linux, Mac OS X, FreeBSD和Solaris。是使用Rsubread开发的。

作者:Alexey Stupnikov, Shailesh Tripathi和Frank Emmert-Streib

维护者:shailesh tripathi

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("samExploreR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“samExploreR”)

PDF	R脚本	samExploreR装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，DNASeq，GeneExpression，GeneRegulation，GeneTarget，GeneticVariability，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，预处理，RNASeq，SequenceMatching，测序，软件，WholeGenome
版本	1.13.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	ggplot2，Rsubread，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，刨边机， r (>= 3.4.0)
进口	grDevices, stats, graphics
链接
建议	BiocStyle，RUnit，BiocGenerics，矩阵
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	samExploreR_1.13.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	samExploreR_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/samExploreR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/samExploreR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/samExploreR/
软件包下载报告	下载数据