RibosomeProfilingQC

doi:10.18129/b9.bioc.ribosomeprofilingqc

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅RibosomeProfilingQC

核糖体分析质量控制

生物导体版本:3.12

Ribo-Seq(也称为核糖体分析或足迹)通过直接量化核糖体保护的片段(RPFS)进行翻译(与RNA-Seq不同,与RNA-Seq相比)。该软件包为核糖体分析的质量评估提供了工具。此外,它可以预处理核糖序列数据以进行后续差分分析。

作者:Jianhong OU [AUT,CRE],Mariah Hoye [aut]

维护者:jianhong ou

引用(从r内,输入引用(“ RibosomeProfilingQC”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ ribosomeprofilingqc”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ ribosomeprofilingqc”)

html R脚本 RibosomeProfilingQC Vignette
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 覆盖范围,,,,结肠管制,,,,QualityControl,,,,核糖,,,,测序,,,,软件,,,,可视化
版本 1.2.1
在生物导体中 Bioc 3.11(R-4.0)(1年)
执照 GPL(> = 3) +文件执照
要看 r(> = 4.0),基因组机
进口 AnnotationDbi,,,,生物基因,,,,生物弦,,,,BSGENOME,,,,EDASEQ,,,,基因组签名,,,,GenomicFeatures,,,,GenomeInfodB,,,,iranges, 方法,Motifstack,,,,rtracklayer,,,,rsamtools,,,,Ruvseq,,,,rsubread,,,,S4VECTORS,,,,xvector,,,,GGPLOT2,,,,ggfittext,,,,,,,,Ggrepel,utils,,统计,图形,网格
链接
建议 运行,,,,生物使用,,,,尼特,,,,BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER10,,,,EDGER,,,,林玛,,,,测试
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 ribosomeProfilingqc_1.2.1.tar.gz
Windows二进制 ribosomeProfilingqc_1.2.1.zip
MacOS 10.13(高山脉) ribosomeProfilingqc_1.2.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ribosomeprofilingqc
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/ribosomeprofilingqc
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/ribosomeprofilingqc/
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