rGADEM

DOI:10.18129 / B9.bioc.rGADEM

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见rGADEM．

从头母题发现

Bioconductor版本:3.12

rgadm是一种用于大规模基因组序列数据的高效从头基序发现工具。它是一个基于gdem软件的开源R包。

作者:Arnaud Droit, Raphael Gottardo, Gordon Robertson，李雷平

维护者:Arnaud Droit < Arnaud。crchuq. ulval .ca>的所有权

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("rGADEM")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rGADEM”)

PDF	R脚本	rgadm用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，ChIPchip，微阵列，MotifDiscovery，测序，软件
版本	2.38.0
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.11.0)，Biostrings，IRanges，BSgenome、方法、seqLogo
进口	Biostrings，GenomicRanges、方法、图形、seqLogo
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，rtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	MotIV，TCGAWorkflow
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	rGADEM_2.38.0.tar.gz
Windows二进制	rGADEM_2.38.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	rGADEM_2.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rGADEM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ rgadm
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rGADEM/
软件包下载报告	下载数据