r3Cseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.r3Cseq

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见r3Cseq．

染色体构象捕获分析和下一代测序(3C-seq)

Bioconductor版本:3.12

该包用于3C-seq分析的长时间染色质相互作用的分析。

作者:Supat Thongjuea, MRC WIMM计算生物学中心，Weatherall分子医学研究所，牛津大学，英国< Supat。Thongjuea在im .ox.ac.uk>

维护者:Supat Thongjuea < Supat。Thongjuea在im .ox.ac.uk>or

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“r3Cseq”)

PDF	R脚本	r3Cseq
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	预处理，测序，软件
版本	1.36.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(9.5年)
许可证	GPL-3
取决于	GenomicRanges，Rsamtools，rtracklayer，VGAM，qvalue
进口	方法,GenomeInfoDb，IRanges，Biostrings，data.table，sqldf，RColorBrewer
链接
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9.masked，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5.masked
SystemRequirements
增强了
URL	http://r3cseq.genereg.nethttps://github.com/supatt-lab/r3Cseq/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	r3Cseq_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	r3Cseq_1.36.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	r3Cseq_1.36.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/r3Cseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/r3Cseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/r3Cseq/
软件包下载报告	下载数据