qvalue

DOI:10.18129 / B9.bioc.qvalue

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见qvalue．

错误发现率控制的q值估计

Bioconductor版本:3.12

这个包从同时测试许多假设中得到一个p值列表，并估计它们的q值和局部FDR值。测试的q值度量当特定测试被称为显著性时产生的假阳性的比例(称为错误发现率)。局部FDR在给定检验的p值的前提下，度量零假设为真的后验概率。各种各样的图自动生成，允许人们做合理的意义切断。最近，一些数学结果显示了该软件估计的q值的保守精度。该软件可应用于基因组学、脑成像、天体物理学和数据挖掘等方面的问题。

作者:John D. Storey [aut, cre]， Andrew J. Bass [aut]， Alan Dabney [aut]， David Robinson [aut]， Gregory Warnes [ctb]

维护者:John D. Storey ， Andrew J. Bass

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“qvalue”)

PDF	R脚本	qvalue包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MultipleComparisons，软件
版本	2.22.0
在Bioconductor公司	BioC 1.6 (R-2.1)或更早的版本(> 16年)
许可证	LGPL
取决于	R (>= 2.10)
进口	样条函数,ggplot2、网格reshape2
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/jdstorey/qvalue
全靠我	anota，CancerMutationAnalysis，ChimpHumanBrainData，DEGseq，DrugVsDisease，metaseqR，r3Cseq，webbioc
进口我	Anaquin，anota，anota2seq，冠军，clusterProfiler，derfinder，剂量，边缘，epihet，erccdashboard，EventPointer，鱼池，IHWpaper，InTAD，metaseqR2，methylKit，现代艺术博物馆，msmsTests，MWASTools，netresponse，normr，OPWeight，过去的，RNAsense，Rnits，SDAMS，风景，signatureSearch，SSPA，subSeq，synapter，触发，webbioc
建议我	biobroom，LBE，maanova，PREDA，RNAinteractMAPK，RnBeads，RnBeads，SummarizedBenchmark，swfdr
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	qvalue_2.22.0.tar.gz
Windows二进制	qvalue_2.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	qvalue_2.22.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qvalue
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/qvalue
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/qvalue/
软件包下载报告	下载数据