qsea

DOI:10.18129 / B9.bioc.qsea

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见qsea．

IP-seq数据分析和可视化

Bioconductor版本:3.12

qsea(定量测序富集分析)是作为MEDIPS包的继承者开发的，用于分析甲基化DNA免疫沉淀(MeDIP)实验随后测序(MeDIP-seq)的数据。然而，qsea为其他类型的定量测序数据(如ChIP-seq, MBD-seq, CMS-seq等)的分析提供了一些功能，包括计算各组样品之间的差异富集。

作者:Matthias Lienhard, Lukas Chavez, Ralf Herwig

维护者:Matthias Lienhard < Lienhard at molgen.mpg.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("qsea")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“qsea”)

超文本标记语言	R脚本	qsea
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，ChipOnChip，CopyNumberVariation，CpGIsland，DNAMethylation，DifferentialMethylation，归一化，预处理，质量控制，测序，软件，可视化
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.5)
进口	Biostrings、图形、gtools，方法，统计，utils，HMMcopy，rtracklayer，BSgenome，GenomicRanges，Rsamtools，IRanges，limma，GenomeInfoDb，BiocGenericsgrDevices,动物园，BiocParallel，KernSmooth，质量
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，MEDIPSData，testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	qsea_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	qsea_1.16.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	qsea_1.16.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qsea
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/qsea
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/qsea/
软件包下载报告	下载数据