psichomics

doi：10.18129/b9.bioc.psichomics

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅psichomics。

用于替代剪接量化，分析和可视化的图形接口

生物导体版本：3.12

与基于直观的闪光图形界面的交互式R包装，用于基于癌症基因组图集（TCGA）的替代剪接定量和替代剪接和基因表达的整合分析，基因型 - 组织表达项目（GTEX），序列读取档案（SRA）（SRA）和用户提供的数据。该工具可以交互性地执行生存率，降低降低以及基于方差的差异剪接和基因表达分析，这些分析受益于临床和分子样品相关特征（例如肿瘤期或生存）的掺入。还包括对所选替代剪接事件的基因组映射和功能注释的交互式视觉访问。

作者：Nuno Saraiva-Agostinho [AUT，CRE]，NunoLuísBarbosa-Morais [AUT，LED，THS]，AndréFalcão[Ths]，Lina Gallego Paez [CTB]，Marie Bordone [CTB]，Teresa Maia [CTB]，Mariana Ferreira [CTB]，Ana Carolina Leote [CTB]，Bernardo de Almeida [CTB] [CTB] [CTB]

维护者：nuno saraiva-agostinho

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ psichomics”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Psichomics”）

html	R脚本	案例研究：命令行界面（CLI）教程
html	R脚本	案例研究：视觉界面
html	R脚本	加载SRA，庞大的工具和用户提供的RNA-seq数据
html	R脚本	准备PSICHOMICS的替代剪接注释
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	替代方案，，，，生物医学信息学，，，，差异性，，，，差速器，，，，GUI，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，多重组合，，，，委托人，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，生存，，，，转录，，，，转录组学，，，，可视化
版本	1.16.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（4。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 4.0），闪亮的（> = 1.5.0），丝绸
进口	AnnotationDbi，，，，AnnotationHub，，，，Biocfilecache，，，，簇，，，，颜色，，，，Data.Table，，，，消化，，，，dplyr，，，，DT（> = 0.2），EDGER，，，，Fastica，，，，FastMatch，，，，GGPLOT2，，，，Ggrepel，图形，grdevices，高电度（> = 0.5.0），htmltools，，，，httr，，，，jsonlite，，，，林玛，，，，Pairsd3，，，，plyr，，，，RCPP（> = 0.12.14），叙事，，，，rfast，，，，r.utils，，，，RESHAPE2，，，，Shinyjs，，，，Stringr，统计总结性特征，，，，生存，工具，utils，XML，，，，Xtable， 方法，org.hs.eg.db
链接	RCPP
建议	测试，，，，尼特， 平行，DevTools，，，，rmarkDown，，，，GPLOTS，，，，COVR，，，，车，，，，rstudioapi，，，，拼写
系统要求
增强
URL	https://nuno-agostinho.github.io/psichomics/https://github.com/nuno-agostinho/psichomics/
BugReports	https://github.com/nuno-agostinho/psichomics/issues
取决于我
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建议我
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构建报告

包装档案

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源包	psichomics_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	psichomics_1.16.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	psichomics_1.16.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/psichomics
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/psichomics
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/psichomics/
软件包下载报告	下载统计