proactiv
doi：10.18129/b9.bioc.proactiv
该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅proactiv。
从RNA-Seq数据估算启动子活性
生物导体版本：3.12
大多数人基因都有多个控制不同同工型表达的启动子。这些替代启动子的使用可以在转录前调节同工型表达。替代启动子在多种细胞类型和疾病中很重要。PROCTIV是一个R软件包，可以从RNA-Seq数据中分析启动子。Proactiv使用对齐的读取作为输入，并为每个带注释的启动子生成计数和归一化启动子活性估计。特别是，ProActiv接受TopHat2或Star或BAM文件作为输入的交界文件。然后，这些估计值可用于识别哪个启动子活跃，哪个启动子不活动，哪些启动子在跨条件下改变其活动。
作者：Deniz Demircioglu [aut]
，乔纳森·戈克[aut]，约瑟夫·李[CRE]
维护者：u.nus.edu> Joseph Lee
引用（从r内，输入引用（“ proactiv”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ proactiv”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ proactiv”）
| html | R脚本 | 从具有ProCtiv的RNA-Seq数据中识别主动和替代启动子 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | 替代方案，，，，差速器，，，，表观遗传学，，，，功能基因组学，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，预处理，，，，rnaseq，，，，软件，，，，转录，，，，转录组学 |
| 版本 | 1.0.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.12（R-4.0）（0.5岁） |
| 执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
| 要看 | R（> = 4.0.0） |
| 进口 | dplyr，，，，基因组机，，，，GenomicFeatures，，，，基因组签名，，，，GenomeInfodB，，，，iranges，，，，S4VECTORS， 方法，rlang，，，，总结性特征，，，，AnnotationDbi，，，，deseq2，，，，Data.Table，，，，蒂布尔，，，，GVIZ，，，，生物比较 |
| 链接 | |
| 建议 | 测试，，，，嘲弄，，，，BSGENOME，，，，生物管理器，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，dexseq，，，，RTSNE，，，，GGPLOT2，，，，花花公子，，，，VDIFFR |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/goekelab/proactiv |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | proactiv_1.0.0.0.tar.gz |
| Windows二进制 | proactiv_1.0.0.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | proactiv_1.0.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proactiv |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/proactiv |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/proactiv/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
