primirTSS

DOI:10.18129 / B9.bioc.primirTSS

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见primirTSS．

primirna转录起始位点的预测

Bioconductor版本:3.12

通过集成H3K4me3和Pol II的数据，并结合保守水平和序列特征，在命令行和图形界面中提供了一种快速、方便的识别miRNA tss的工具，该工具在miRNA tss上实现了比以前的非细胞特异性方法更好的性能。

作者:李普敏[aut, cre]，徐琪[aut]，李洁[aut]，王劲[aut]

维护者:李普敏

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“primirTSS”)

超文本标记语言	R脚本	primirTSS
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，遗传学，ImmunoOncology，预处理，RNASeq，测序，软件，转录
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	GenomicRanges(> = 1.32.2),S4Vectors(> = 0.18.2),rtracklayer(> = 1.40.3),dplyr(> = 0.7.6),stringr(> = 1.3.1),tidyr(> = 0.8.1),Biostrings(> = 2.48.0),purrr(> = 0.2.5),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38(> = 1.4.1),phastCons100way.UCSC.hg38(> = 3.7.1),GenomicScores(> = 1.4.1),闪亮的(> = 1.0.5),Gviz(> = 1.24.0),BiocGenerics(> = 0.26.0),IRanges(> = 2.14.10),TFBSTools(> = 1.18.0),JASPAR2018(> = 1.1.1),宠物猫(> = 1.4.2),R.utils(>= 2.6.0)， stats, utils
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ipumin/primirTSS
BugReports	http://github.com/ipumin/primirTSS/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	primirTSS_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	primirTSS_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	primirTSS_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/primirTSS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/primirTSS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/primirTSS/
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