preciseTAD

DOI:10.18129 / B9.bioc.preciseTAD

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见preciseTAD．

preciseTAD:用于精确预测TAD边界的机器学习框架

Bioconductor版本:3.12

preciseTAD提供了在基本水平分辨率上预测拓扑相关域(TADs)和染色质环边界位置的功能。作为输入，它采用从低分辨率Hi-C数据中检测到的域边界的bed格式基因组坐标，以及来自ENCODE或其他联盟的高分辨率基因组注释的坐标。preciseTAD采用了几种特征工程策略和重采样技术来解决类不平衡问题，并训练了一个优化的随机森林模型来预测低分辨率域边界。在基础层面上，preciseTAD预测每个基础成为边界的概率。基于密度的聚类和可扩展分区技术用于检测精确的边界区域和顶点。与低分辨率边界相比，精确的etad边界在CTCF、RAD21、SMC3和ZNF143信号中高度富集，并且在细胞系中更加保守。使用CTCF、RAD21、SMC3和ZNF143对该细胞系的注释数据，预训练的模型可以准确地预测该细胞系的边界。

作者:Spiro Stilianoudakis [aut, cre]， Mikhail Dozmorov [aut]

维护者:Spiro Stilianoudakis

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("preciseTAD")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“preciseTAD”)

超文本标记语言	R脚本	preciseTAD
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，聚类，FeatureExtraction，FunctionalGenomics，嗝，测序，软件
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，randomForest，ModelMetrics，e1071，PRROC，pROC，脱字符号， DMwR, utils，集群，dbscan，doSNOW，foreach，pbapply，统计，并行
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，BiocCheck，BiocManager，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dozmorovlab/preciseTAD
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/preciseTAD/issues
全靠我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	preciseTAD_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	preciseTAD_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	preciseTAD_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/preciseTAD
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/preciseTAD
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/preciseTAD/
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