PQSFINDER

doi:10.18129/b9.bioc.pqsfinder

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅PQSFINDER

识别潜在四链体形成序列

生物导体版本:3.12

PQSFINDER检测可能折叠成分子内G-四链体(G4)的DNA和RNA序列模式。与许多其他方法不同,PQSFinder能够检测到包含凸起或不匹配或具有长循环的G4的G4折叠的G4。PQSFinder还为G4测序数据上拟合的每个点击分配了整数得分,并对应于折叠G4的预期稳定性。

作者:Jiri Hon,Dominika Labudova,Matej Lexa和Tomas Martinek

维护者:jiri hon

引用(从r内,输入引用(“ pqsfinder”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ pqsfinder”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ PQSFinder”)

html R脚本 PQSFinder:用户指南
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 结肠管制,,,,主题,,,,测序,,,,软件
版本 2.6.0
在生物导体中 Bioc 3.3(R-3.3)(5年)
执照 bsd_2_clause +文件执照
要看 生物弦
进口 RCPP(> = 0.12.3),基因组机,,,,iranges,,,,S4VECTORS, 方法
链接 RCPP,,,,BH(> = 1.69.0)
建议 生物使用,,,,尼特,,,,GVIZ,,,,rtracklayer,,,,GGPLOT2,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38,,,,测试,,,,Stringr,,,,Stringi
系统要求 GNU MAKE,C ++ 11
增强
URL https://pqsfinder.fi.muni.cz
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 pqsfinder_2.6.0.tar.gz
Windows二进制 pqsfinder_2.6.0.zip(32-和64位)
MacOS 10.13(高山脉) pqsfinder_2.6.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pqsfinder
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/pqsfinder
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/pqsfinder/
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