podkat

doi:10.18129/b9.bioc.podkat

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅podkat

位置依赖性内核协会测试

生物导体版本:3.12

该软件包提供了一个能够处理非常稀有甚至私人变体的关联测试。这是通过基于内核的方法来完成的,该方法考虑了变体的位置。该测试可用于预处理的矩阵数据,也可以直接用于存储在VCF文件中的变体数据。可以对整个基因组,全外观或仅限于预定义的感兴趣区域进行关联测试。该测试通过用于分析和可视化结果的工具补充。

作者:Ulrich Bodenhofer

维护者:ulrich bodenhofer

引用(从r内,输入引用(“ Podkat”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ podkat”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Podkat”)

PDF R脚本 podkat-涉及稀有和私人变体的关联测试的R软件包
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,DataImport,,,,遗传学,,,,测序,,,,软件,,,,变体,,,,全媒体
版本 1.22.0
在生物导体中 Bioc 3.1(R-3.2)(6年)
执照 GPL(> = 2)
要看 r(> = 3.2.0),方法,rsamtools(> = 1.99.1),基因组机
进口 RCPP(> = 0.11.1),并行,统计,图形,grdevices,utils,生物酶,,,,生物基因,,,,矩阵,,,,GenomeInfodB,,,,iranges,,,,生物弦,,,,BSGENOME(> = 1.32.0)
链接 RCPP,,,,Rhtslib(> = 1.15.3)
建议 bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38.masked,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10.masked,,,,Gwastools(> = 1.13.24),变体,,,,总结性特征,,,,尼特
系统要求 gnu做
增强
URL http://www.bioinf.jku.at/software/podkat/https://github.com/ubod/podkat
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 podkat_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 podkat_1.22.0.zip(32-和64位)
MacOS 10.13(高山脉) podkat_1.22.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/podkat
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/podkat
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/podkat/
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