pmp

DOI:10.18129 / B9.bioc.pmp

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见pmp

代谢组学数据集的峰值矩阵处理和信号批量校正

Bioconductor版本:3.12

代谢组学数据集(即峰值矩阵)的(预)处理方法和工具,包括滤波、归一化、缺失值imputation、缩放、信号漂移和批量效应校正方法。过滤方法基于:缺失值的比例(跨样本或特征);由质量控制(QC)样品计算的相对标准偏差(RSD);空白样品。归一化方法包括概率商归一化(PQN)和总信号强度归一化。还提供了几种常用的缺失值估算算法的统一用户界面。支持的方法有:k-最近邻(knn),随机森林(rf),贝叶斯PCA缺失值估计器(bpca),给定特征的平均值或中值和恒定的小值。广义对数(glog)变换算法可用于稳定低强度和高强度质谱特征的方差。最后,该包提供了用于信号漂移和基于质谱数据集的批量效应校正的质量控制-鲁棒样条校正(QCRSC)算法的实现。

作者:Andris Jankevics和Ralf Johannes Maria Weber

维护者:Andris Jankevics

引文(从R内,输入引用(pmp)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("pmp")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes (pmp)

超文本标记语言 R脚本 代谢组学数据集的峰值矩阵处理
超文本标记语言 R脚本 信号漂移和批量效应校正及质谱质量评估
超文本标记语言 R脚本 质谱信号漂移和批量效应校正
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BatchEffectMassSpectrometry代谢组学质量控制软件
版本 1.2.1 "
在Bioconductor BioC 3.11 (R-4.0)(1年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.0)
进口 统计数据,嫁祸于pcaMethodsmissForestggplot2、方法、SummarizedExperimentS4VectorsmatrixStatsgrDevices,reshape2,跑龙套
链接
建议 testthatcovrknitrrmarkdownBiocStylegridExtra魔法
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我 structToolbox
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 pmp_1.2.1.tar.gz
Windows二进制 pmp_1.2.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) pmp_1.2.1.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pmp
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pmp
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/pmp/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网