pipeFrame

DOI:10.18129 / B9.bioc.pipeFrame

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见pipeFrame．

R中生物信息学的管道框架

Bioconductor版本:3.12

pipeFrame是一个R包，用于构建组件化的生物信息学管道。该管道中的每个步骤都包装在框架中，因此可以无缝自动地创建步骤之间的连接。用户可以更多地关注参数的微调，而不是花费大量时间转换文件格式、将任务输出传递给任务输入或安装依赖项。组件化的步骤元素也可以灵活地定制到其他新的管道中。该管道可以分成几个重要的功能步骤，因此用户更容易理解每个步骤中的复杂参数，而不是整个管道中的参数组合。同时，组件化的管道可以在断点处重新启动，避免重新运行整个管道，这可以为用户在管道调优或诸如断电或处理其他中断等问题上节省大量时间。

作者:郑伟，马世宁

维护者:郑伟< wzwezheng at qq.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("pipeFrame")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“pipeFrame”)

超文本标记语言	R脚本	pipeFrame简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施，软件，WorkflowStep
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6.1)
进口	BSgenome，消化，visNetwork，magrittr、方法、Biostrings，GenomeInfoDb，并行，统计，utils
链接
建议	BiocManager，knitr，rtracklayer，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/wzthu/pipeFrame
BugReports	https://github.com/wzthu/pipeFrame/issues
全靠我	enrichTF，esATAC
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	pipeFrame_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	pipeFrame_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	pipeFrame_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pipeFrame
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pipeFrame
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pipeFrame/
软件包下载报告	下载数据