pipeComp

DOI:10.18129 / B9.bioc.pipeComp

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见pipeComp．

pipeComp管道基准框架

Bioconductor版本:3.12

一个简单的框架，便于比较涉及不同步骤和参数的管道。' pipelineDefinition '类将管道最少表示为一组连续执行前一个输出的函数，并可选地伴随着逐步求值和聚合函数。给定这样一个对象、一组可选参数/方法和基准数据集，' runPipeline '函数将遍历所有组合参数，避免重复计算相同步骤两次，并在运行中编译计算，以避免存储潜在的大型中间数据。

作者:Pierre-Luc Germain [cre, aut]——安东尼·索莱尔，马克·D.罗宾逊[aut, fnd]

维护者:Pierre-Luc Germain < Pierre-Luc。日耳曼在hest.ethz.ch>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("pipeComp")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“pipeComp”)

超文本标记语言	R脚本	pipeComp
超文本标记语言	R脚本	pipeComp_dea
超文本标记语言	R脚本	pipeComp_scRNA
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，DataRepresentation，GeneExpression，软件，转录组
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	GPL
取决于	R (>= 4.0)
进口	BiocParallel，S4Vectors，ComplexHeatmap，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，修拉，matrixStats，矩阵，集群，aricode，方法，utils，dplyr、网格尺度，食物，viridisLite，线索，randomcoloR，ggplot2，cowplot，intrinsicDimension，嘘，knitr，reshape2统计数据,Rtsne，uwot，circlize，RColorBrewer
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://doi.org/10.1186/s13059-020-02136-7
BugReports	https://github.com/plger/pipeComp
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	pipeComp_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	pipeComp_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	pipeComp_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pipeComp
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pipeComp
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pipeComp/
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