pipeComp

DOI:10.18129 / B9.bioc.pipeComp

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见pipeComp

pipeComp管道基准框架

Bioconductor版本:3.12

一个简单的框架,便于比较涉及不同步骤和参数的管道。' pipelineDefinition '类将管道最少表示为一组连续执行前一个输出的函数,并可选地伴随着逐步求值和聚合函数。给定这样一个对象、一组可选参数/方法和基准数据集,' runPipeline '函数将遍历所有组合参数,避免重复计算相同步骤两次,并在运行中编译计算,以避免存储潜在的大型中间数据。

作者:Pierre-Luc Germain [cre, aut]——安东尼·索莱尔,马克·D.罗宾逊[aut, fnd]

维护者:Pierre-Luc Germain < Pierre-Luc。日耳曼在hest.ethz.ch>

引文(从R内,输入引用(“pipeComp”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("pipeComp")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“pipeComp”)

超文本标记语言 R脚本 pipeComp
超文本标记语言 R脚本 pipeComp_dea
超文本标记语言 R脚本 pipeComp_scRNA
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 聚类DataRepresentationGeneExpression软件转录组
版本 1.0.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证 GPL
取决于 R (>= 4.0)
进口 BiocParallelS4VectorsComplexHeatmapSingleCellExperimentSummarizedExperiment修拉matrixStats矩阵集群aricode,方法,utils,dplyr、网格尺度食物viridisLite线索randomcoloRggplot2cowplotintrinsicDimensionknitrreshape2统计数据,RtsneuwotcirclizeRColorBrewer
链接
建议 BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL https://doi.org/10.1186/s13059-020-02136-7
BugReports https://github.com/plger/pipeComp
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 pipeComp_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 pipeComp_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) pipeComp_1.0.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pipeComp
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pipeComp
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/pipeComp/
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