periodicDNA

DOI:10.18129 / B9.bioc.periodicDNA

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅periodicDNA

套工具来识别中出现的周期性k-mers DNA序列

Bioconductor版本:3.12

这个R包可以帮助用户识别k-mers定期(如di -或tri-nucleotides)存在的一组基因位点(通常监管元素)。这个包的功能提供了一个简单的方法来找到k-mers在DNA序列的周期性出现,如监管元素。这不是针对识别图案由一个守恒的距离分开;对于这种类型的分析,请访问MEME的网站。

作者:雅克Serizay (aut (cre)

维护人员:雅克Serizay < jacquesserizay gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“periodicDNA”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“periodicDNA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“periodicDNA”)

HTML R脚本 介绍periodicDNA
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 对齐,报道,DataImport,MotifAnnotation,MotifDiscovery,SequenceMatching,测序,软件
版本 1.0.0
Bioconductor自 BioC 3.12 (r - 4.0)(0.5年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (> = 4.0),Biostrings,GenomicRanges,IRanges,BSgenome,BiocParallel
进口 S4Vectors,rtracklayer统计数据,GenomeInfoDb,magrittr,动物园,ggplot2、方法、并行cowplot
链接
建议 BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3,BSgenome.Celegans.UCSC.ce11,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,网状,testthat,covr,knitr,rmarkdown,pkgdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/js2264/periodicDNA
BugReports https://github.com/js2264/periodicDNA/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 periodicDNA_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 periodicDNA_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉) periodicDNA_1.0.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/periodicDNA
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ periodicDNA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/periodicDNA/
包下载报告 下载数据

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  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网