pcaExplorer

DOI:10.18129 / B9.bioc.pcaExplorer

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见pcaExplorer．

使用主成分方法的RNA-seq数据的交互式可视化

Bioconductor版本:3.12

该软件包提供了基于主成分分析的RNA-seq数据集的交互式可视化功能。所提供的方法允许快速提取信息和有效的数据探索。Shiny应用程序封装了整个分析。

作者:Federico Marini [aut, cre]

维护者:Federico Marini

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“pcaExplorer”)

超文本标记语言	R脚本	pcaExplorer用户指南
超文本标记语言	R脚本	使用pcaExplorer启动并运行
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DimensionReduction,GUI,ImmunoOncology,PrincipalComponent,质量控制,RNASeq,ReportWriting,软件,可视化
版本	2.16.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口	DESeq2,SummarizedExperiment,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,genefilter,ggplot2(> = 2.0.0),的热图,情节,尺度,NMF,plyr,topGO,limma,GOstats,GO.db,AnnotationDbi,闪亮的(> = 0.12.0),shinydashboard,shinyBS,ggrepel,DT,shinyAce,threejs,biomaRt,pheatmap,knitr,rmarkdown,base64enc,tidyr， grDevices，方法
链接
建议	testthat,BiocStyle,气道,org.Hs.eg.db,htmltools
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/federicomarini/pcaExplorerhttps://federicomarini.github.io/pcaExplorer/
BugReports	https://github.com/federicomarini/pcaExplorer/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	pcaExplorer_2.16.0.tar.gz
Windows二进制	pcaExplorer_2.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	pcaExplorer_2.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pcaExplorer
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pcaExplorer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pcaExplorer/
软件包下载报告	下载数据