paxtoolsr

DOI:10.18129 / B9.bioc.paxtoolsr

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见paxtoolsr．

PaxtoolsR:通过BioPAX和Pathway Commons从多个数据库访问路径

Bioconductor版本:3.12

该包提供了一组R函数，用于使用Paxtools和查询Pathway Commons (PC)分子交互数据库与BioPAX OWL文件进行交互，该数据库由纪念斯隆-凯特琳癌症中心(MSKCC)的计算生物学中心托管。Pathway Commons数据库包括:BIND、BioGRID、CORUM、CTD、DIP、DrugBank、HPRD、HumanCyc、完整、KEGG、MirTarBase、Panther、PhosphoSitePlus、Reactome、RECON、TRANSFAC。

作者:奥古斯丁·卢纳

维护者:Augustin Luna

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“paxtoolsr”)

超文本标记语言	R脚本	使用PaxtoolsR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，KEGG，网络，NetworkEnrichment，通路，Reactome，软件，SystemsBiology
版本	1.24.0
在Bioconductor公司	bio 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 3.2)，rJava(>= 0.9-8)，方法XML
进口	跑龙套,httr，igraph，plyr，rjson，R.utils，jsonlite，readr
链接
建议	testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown，RColorBrewer，foreach，doSNOW平行,org.Hs.eg.db，clusterProfiler
SystemRequirements	Java (>= 1.6)
增强了
URL	https://github.com/BioPAX/paxtoolsr
全靠我
进口我
建议我	netboxr
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	paxtoolsr_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	paxtoolsr_1.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/paxtoolsr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/paxtoolsr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/paxtoolsr/
软件包下载报告	下载数据