npGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.npGSEA

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅npGSEA

排列基因集富集分析的近似方法(non-permutation GSEA)

Bioconductor版本:3.12

目前的基因集富集方法依赖推理的排列。这些方法计算昂贵,最低可实现的假定值基于排列的数量,而不是在实际观察到的统计数据。我们得到三个参数近似两个基因集富集的排列分布测试数据。我们能够减少计算负担和排列测试的粒度问题与我们的方法,就是在这个包中实现。npGSEA计算基因集富集统计和假定值没有排列的计算成本。它适用于设置在一个或多个感兴趣的基因集。也有内置的绘图功能,帮助用户可视化结果。

作者:杰西卡·拉尔森和艺术欧文

维护人员:杰西卡·拉尔森<拉尔森。杰斯:gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“npGSEA”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“npGSEA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

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browseVignettes (“npGSEA”)

PDF R脚本 运行基因集富集分析“npGSEA”包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneSetEnrichment,微阵列,通路,软件,StatisticalMethod
版本 1.26.0
Bioconductor自 BioC 2.14 (r - 3.1)(7年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 GSEABase(> = 1.24.0)
进口 Biobase、方法、BiocGenerics、图形、统计数据
链接
建议 所有,genefilter,limma,hgu95av2.db,ReportingTools,BiocStyle
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包档案

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源包 npGSEA_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 npGSEA_1.26.0.zip
macOS 10.13(高山脉) npGSEA_1.26.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/npGSEA
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ npGSEA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/npGSEA/
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