normr

DOI:10.18129 / B9.bioc.normr

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅normr

调用ChIP-seq数据规范化和区别

Bioconductor版本:3.12

健壮的规范化和区别ChIP-seq调用程序和数据。读统计建模共同作为一个二项与指定数量的组件混合模型。合身的背景估计占浓缩在某些地区的影响,因此,代表了一个适当的零假设。这个健壮的背景是用来识别显著富集或贫化区。

作者:约翰内斯·赫尔穆特(aut (cre) Ho-Ryun涌(aut)

维护人员:约翰内斯·赫尔穆特<约翰内斯。赫尔穆特在laborberlin.com >

从内部引用(R,回车引用(“normr”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“normr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“normr”)

HTML R脚本 介绍normR包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐,贝叶斯,ChIPSeq,分类,DataImport,DifferentialPeakCalling,FunctionalGenomics,遗传学,MultipleComparison,归一化,PeakDetection,预处理,RIPSeq,软件
版本 1.16.0
Bioconductor自 BioC 3.4 (r - 3.3)(4.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (> = 3.3.0)
进口 方法、统计跑龙套,grDevices平行,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,Rcpp(> = 0.11),qvalue(> = 2.2),bamsignals(> = 1.4),rtracklayer(> = 1.32)
链接 Rcpp
建议 BiocStyle,testthat(> = 1.0),knitr,rmarkdown
SystemRequirements c++ 11
增强了 BiocParallel
URL https://github.com/your-highness/normR
BugReports https://github.com/your-highness/normR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 normr_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 normr_1.16.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉) normr_1.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/normr
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ normr
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/normr/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网