netboxr

DOI:10.18129 / B9.bioc.netboxr

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见netboxr．

netboxr

Bioconductor版本:3.12

NetBox是一种基于网络的方法，它将先验知识与网络聚类算法相结合。该算法允许识别功能模块，并允许组合多种数据类型，如突变和拷贝数更改。NetBox对人类相互作用网络进行网络分析，并预装了一个人类相互作用网络(HIN)，来自四个文献策划的数据源，包括人类蛋白质参考数据库(HPRD)， Reactome, nci -自然途径相互作用数据库(PID)和MSKCC癌细胞图。

作者:Eric Minwei Liu [aut,cre]， Augustin Luna [aut]， Ethan Cerami [aut]

维护者:Eirc Minwei Liu 上搜索

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("netboxr")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“netboxr”)

超文本标记语言	R脚本	NetBoxR教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，KEGG，网络，NetworkEnrichment，通路，Reactome，软件，SystemsBiology
版本	1.2.0
在Bioconductor公司	BioC 3.11 (R-4.0)(1年)
许可证	LGPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)，igraph(>= 1.2.4.1)，并行
进口	RColorBrewer，DT统计数据,clusterProfiler，data.table，gplots，jsonlite，plyr
链接
建议	paxtoolsr，BiocStyle，org.Hs.eg.db，knitr，rmarkdown，testthat，cgdsr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	netboxr_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	netboxr_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	netboxr_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netboxr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/netboxr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/netboxr/
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