nearBynding

DOI:10.18129 / B9.bioc.nearBynding

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见nearBynding

辨别蛋白质结合附近的RNA结构

Bioconductor版本:3.12

在用户定义的转录组区域内,提供一个管道来识别蛋白质结合位点附近的RNA结构。CLIP蛋白结合数据可以输入为对齐的BAM或称为峰的bedGraph文件。RNA结构可以从序列内部预测,或者用户可以选择输入自己的RNA结构数据。RNA结构结合剖面可以通过多种格式进行直观和定量比较。

作者:Veronica Busa [cre]

维护者:Veronica Busa

引文(从R内,输入引用(“nearBynding”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("nearBynding")

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“nearBynding”)

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文本 新闻

细节

biocViews 聚类DataRepresentationMotifDiscoveryMultipleComparison软件StructuralPrediction可视化
版本 1.0.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.0)
进口 R.utilsmatrixStatsplyranges运输RsamtoolsS4Vectors, grDevices,图形,rtracklayerdplyrGenomeInfoDb、方法、GenomicRanges, utils,统计,magrittrTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneTxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGeneggplot2gplotsBiocGenericsrlang
链接
建议 knitr
SystemRequirements bedtools (> = 2.28.0), Stereogene (> = v2.20), CapR (> = 1.1.1)
增强了
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包档案

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源包 nearBynding_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 nearBynding_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) nearBynding_1.0.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nearBynding
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/nearBynding
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/nearBynding/
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