multicrispr

DOI:10.18129 / B9.bioc.multicrispr

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见multicrispr

多位点多用途Crispr/Cas设计

Bioconductor版本:3.12

此包用于设计Crispr/Cas9和Prime Editing实验。它包含函数(1)定义和转换基因组目标,(2)寻找间隔(4)计数脱靶(mis)匹配,(5)计算Doench2016/2014靶向效率。人们已经注意到多Crispr能够很好地扩展到大型目标集,从而能够设计大型Crispr/Cas9库。

作者:Aditya Bhagwat [aut, cre], Johannes Graumann [sad, ctb], Mette Bentsen [ctb], Jens Preussner [ctb], Michael Lawrence [ctb], Hervé Pagès [ctb], Mario Looso [sad, rth]

维护者:Aditya Bhagwat < Aditya。Bhagwat mpi-bn.mpg.de>

引文(从R内,输入引用(“multicrispr”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("multicrispr")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“multicrispr”)

超文本标记语言 R脚本 genome_arithmetics
超文本标记语言 R脚本 grna_design
超文本标记语言 R脚本 prime_editing
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CRISPR软件
版本 1.0.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 4.0)
进口 自信的BiocGenericsBiostringsBSgenomeCRISPRseekdata.tableGenomeInfoDbGenomicFeaturesGenomicRangesggplot2、网格karyoploteRmagrittr,方法,并行,plyrangesRbowtie网状rtracklayer统计数据,stringitidyrtidyselect,跑龙套
链接
建议 AnnotationHubBiocStyleBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer1ensembldbIRangesknitr魔法rmarkdowntestthatTxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL https://loosolab.pages.gwdg.de/software/multicrispr/
BugReports https://gitlab.gwdg.de/loosolab/software/multicrispr/-/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 multicrispr_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 multicrispr_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) multicrispr_1.0.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multicrispr
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/multicrispr
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/multicrispr/
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