multiHiCcompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiHiCcompare

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅multiHiCcompare。

规范化和检测高c数据集之间的差异当复制的每个实验条件是可用的

Bioconductor版本:3.12

multiHiCcompare为关节提供功能正常化和差分检测在多个高c数据集。这个扩展的原始HiCcompare包现在允许高c实验有超过2组每组和多个样本。multiHiCcompare作用于处理高c数据稀疏的上三角矩阵的形式。它接受四列(染色体,region1 region2,如果)制表符分隔的文本文件存储染色质交互矩阵。multiHiCcompare快速提供循环黄土和黄土(fastlo)方法适应共同规范高c数据。此外,它提供了一个通用线性模型(GLM)框架刨边机包适应检测距离高c数据依赖的方式的差异。

作者:约翰•史坦斯费尔德在vcu.edu < stansfieldjc >,米哈伊尔•Dozmorov <米哈伊尔。在vcuhealth.org dozmorov >

维修工:约翰•史坦斯费尔德< stansfieldjc vcu.edu >,米哈伊尔•Dozmorov <米哈伊尔。在vcuhealth.org dozmorov >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“multiHiCcompare”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“multiHiCcompare”)

HTML	R脚本	multiHiCcompare装饰图案
HTML	R脚本	可视化结果果汁盒
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	嗝,归一化,测序,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	data.table,dplyr,HiCcompare,刨边机,BiocParallel,qqman,pheatmap、方法、metap,GenomicRanges、图表、数据、跑龙套,pbapply,GenomeInfoDbData,BLMA,GenomeInfoDb
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dozmorovlab/multiHiCcompare
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/multiHiCcompare/issues
取决于我
进口我
建议我	HiCcompare
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	multiHiCcompare_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	multiHiCcompare_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	multiHiCcompare_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multiHiCcompare
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ multiHiCcompare
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/multiHiCcompare/
包下载报告	下载数据