multiGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiGSEA

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见multiGSEA．

结合基于gsea的通路富集与多组学数据集成

Bioconductor版本:3.12

从8个不同数据库(KEGG、Reactome、Biocarta等)中提取的通路特征可用于转录组、蛋白质组和/或代谢组水平，以计算基于gsea的组合富集评分。

作者:Sebastian Canzler [aut, cre]， Jörg Hackermüller [aut]

维护者:Sebastian Canzler < Sebastian。Canzler在ufz.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("multiGSEA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“multiGSEA”)

超文本标记语言	R脚本	multiGSEA.html
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BioCarta，GeneSetEnrichment，通路，Reactome，软件
版本	1.0.2中
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	magrittr，石墨，AnnotationDbi，dplyr，fgsea，metap，rappdirs，rlang、方法
链接
建议	org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Rn.eg.db，org.Ss.eg.db，org.Bt.eg.db，org.Ce.eg.db，org.Dm.eg.db，org.Dr.eg.db，org.Gg.eg.db，org.Xl.eg.db，org.Cf.eg.db，metaboliteIDmapping，knitr，rmarkdown，BiocStyle，testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/yigbt/multiGSEA
BugReports	https://github.com/yigbt/multiGSEA/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	multiGSEA_1.0.2.tar.gz
Windows二进制	multiGSEA_1.0.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	multiGSEA_1.0.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multiGSEA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/multiGSEA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/multiGSEA/
软件包下载报告	下载数据