multiGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiGSEA

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见multiGSEA

结合基于gsea的通路富集与多组学数据集成

Bioconductor版本:3.12

从8个不同数据库(KEGG、Reactome、Biocarta等)中提取的通路特征可用于转录组、蛋白质组和/或代谢组水平,以计算基于gsea的组合富集评分。

作者:Sebastian Canzler [aut, cre], Jörg Hackermüller [aut]

维护者:Sebastian Canzler < Sebastian。Canzler在ufz.de>

引文(从R内,输入引用(“multiGSEA”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("multiGSEA")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“multiGSEA”)

超文本标记语言 R脚本 multiGSEA.html
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BioCartaGeneSetEnrichment通路Reactome软件
版本 1.0.2中
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.0.0)
进口 magrittr石墨AnnotationDbidplyrfgseametaprappdirsrlang、方法
链接
建议 org.Hs.eg.dborg.Mm.eg.dborg.Rn.eg.dborg.Ss.eg.dborg.Bt.eg.dborg.Ce.eg.dborg.Dm.eg.dborg.Dr.eg.dborg.Gg.eg.dborg.Xl.eg.dborg.Cf.eg.dbmetaboliteIDmappingknitrrmarkdownBiocStyletestthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/yigbt/multiGSEA
BugReports https://github.com/yigbt/multiGSEA/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 multiGSEA_1.0.2.tar.gz
Windows二进制 multiGSEA_1.0.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra) multiGSEA_1.0.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multiGSEA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/multiGSEA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/multiGSEA/
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