motifbreakR

DOI:10.18129 / B9.bioc.motifbreakR

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见motifbreakR．

预测单核苷酸多态性在转录因子结合位点上的破坏的包

Bioconductor版本:3.12

我们引入了motifbreakR，它允许生物学家首先判断围绕多态性的序列是否是一个很好的匹配，其次在多态性的一个等位基因相对于另一个等位基因中获得或丢失了多少信息。MotifbreakR与以前的产品相比既灵活又可扩展;提供一种可供用户选择的算法，用于查询具有公共来源的基序的基因组;它们是1)加权和概率矩阵，2)对数概率，3)相对熵加权。MotifbreakR可以预测公共数据库中新颖或先前描述的变体的影响，使其适用于超出其原始设计范围的任务。最后，它还可以用来检查Bioconductor内部的任何基因组(目前有22个)。

作者:Simon Gert Coetzee [aut, cre]， Dennis J. Hazelett [aut]

维护者:Simon Gert Coetzee < Simon。Coetzee在cshs.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("motifbreakR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“motifbreakR”)

超文本标记语言	R脚本	motifbreakR:简介
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，MotifAnnotation，软件，可视化
版本	测试盒框
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(5.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 3.5.0)，网格，MotifDb
进口	方法，编译器，grDevices，grImport，stringr，BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，Biostrings，BSgenome，rtracklayer，VariantAnnotation，BiocParallel，motifStack，Gviz，matrixStats，TFMPvalue，SummarizedExperiment
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，knitr，rmarkdown，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Simon-Coetzee/motifbreakR/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	motifbreakR_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	motifbreakR_2.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	motifbreakR_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifbreakR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/motifbreakR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/motifbreakR/
软件包下载报告	下载数据