单片眼镜

DOI:10.18129 / B9.bioc.monocle

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见单片眼镜．

单细胞RNA-Seq的聚类、差异表达和轨迹分析

Bioconductor版本:3.12

Monocle对单细胞表达实验进行差分表达和时间序列分析。它根据生物过程的进展对单个细胞进行排序，而不提前知道哪些基因决定了该过程的进展。Monocle还对单细胞表达数据执行差异表达分析、聚类、可视化和其他有用的任务。它被设计用于RNA-Seq和qPCR数据，但也可以用于其他类型。

作者:Cole Trapnell

维护者:Cole Trapnell

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("monocle")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“单片眼镜”)

PDF	R脚本	单眼:单细胞RNA-Seq实验的细胞计数、差异表达和轨迹分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DataImport，DataRepresentation，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，基础设施，MultipleComparison，质量控制，RNASeq，测序，软件，可视化
版本	2.18.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10.0)，方法，矩阵(> = 1.2 6),Biobase，ggplot2(> = 1.0.0),VGAM(> = 1.0 6),DDRTree(> = 0.1.4)
进口	平行,igraph(> = 1.0.1),BiocGenerics，HSMMSingleCell(> = 0.101.5),plyr，集群，combinat，fastICA、网格irlba(> = 2.0.0),matrixStats，densityClust(> = 0.3),Rtsne，质量，reshape2，limma，宠物猫，dplyr，qlcMatrix，pheatmap，stringr，代理，大满贯，冬青统计数据,biocViews，RANN(> = 2.5),Rcpp(> = 0.12.0)
链接	Rcpp
建议	命运，Hmisc，knitr，修拉，嘘，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	西塞罗，ctgGEM，phemd
进口我	tradeSeq，的作用
建议我	M3Drop，食物，sincell
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	monocle_2.18.0.tar.gz
Windows二进制	monocle_2.18.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	monocle_2.18.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/monocle
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/monocle
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/monocle/
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