单片眼镜

DOI:10.18129 / B9.bioc.monocle

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见单片眼镜

单细胞RNA-Seq的聚类、差异表达和轨迹分析

Bioconductor版本:3.12

Monocle对单细胞表达实验进行差分表达和时间序列分析。它根据生物过程的进展对单个细胞进行排序,而不提前知道哪些基因决定了该过程的进展。Monocle还对单细胞表达数据执行差异表达分析、聚类、可视化和其他有用的任务。它被设计用于RNA-Seq和qPCR数据,但也可以用于其他类型。

作者:Cole Trapnell

维护者:Cole Trapnell

引文(从R内,输入引用(“单片眼镜”)):

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("monocle")

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文档

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PDF R脚本 单眼:单细胞RNA-Seq实验的细胞计数、差异表达和轨迹分析
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文本 新闻

细节

biocViews 聚类DataImportDataRepresentationDifferentialExpressionGeneExpressionImmunoOncology基础设施MultipleComparison质量控制RNASeq测序软件可视化
版本 2.18.0
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 2.10.0),方法,矩阵(> = 1.2 6),Biobaseggplot2(> = 1.0.0),VGAM(> = 1.0 6),DDRTree(> = 0.1.4)
进口 平行,igraph(> = 1.0.1),BiocGenericsHSMMSingleCell(> = 0.101.5),plyr集群combinatfastICA、网格irlba(> = 2.0.0),matrixStatsdensityClust(> = 0.3),Rtsne质量reshape2limma宠物猫dplyrqlcMatrixpheatmapstringr代理大满贯冬青统计数据,biocViewsRANN(> = 2.5),Rcpp(> = 0.12.0)
链接 Rcpp
建议 命运Hmiscknitr修拉testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 西塞罗ctgGEMphemd
进口我 tradeSeq的作用
建议我 M3Drop食物sincell
链接到我
构建报告

包档案

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源包 monocle_2.18.0.tar.gz
Windows二进制 monocle_2.18.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) monocle_2.18.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/monocle
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/monocle
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/monocle/
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