minfi
DOI:
10.18129 / B9.bioc.minfi
此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见minfi．
分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列
Bioconductor版本:3.12
分析和可视化Illumina Infinium甲基化阵列的工具。
作者:Kasper Daniel Hansen [cre, aut]， Martin Aryee [aut]， Rafael A. Irizarry [aut]， Andrew E. Jaffe [ctb]， Jovana Maksimovic [ctb]， E. Andres Houseman [ctb]， Jean-Philippe Fortin [ctb]， Tim Triche [ctb]， Shan V. Andrews [ctb]， Peter F. Hickey [ctb]
维护者:Kasper Daniel Hansen
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("minfi")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“minfi”)
细节
| biocViews |
DNAMethylation，DataImport，DifferentialMethylation，表观遗传学，ImmunoOncology，MethylationArray，微阵列，多通道，归一化，预处理，质量控制，软件，TwoChannel |
| 版本 |
1.36.0 |
| 在Bioconductor |
BioC 2.9 (R-2.14)(9.5年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
方法,BiocGenerics(> = 0.15.3),GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 1.1.6),Biostrings，bumphunter(> = 1.1.9) |
| 进口 |
S4Vectors，GenomeInfoDb，Biobase(> = 2.33.2),IRanges，beanplot，RColorBrewer，晶格，nor1mix，siggenes，limma，preprocessCore，illuminaio(> = 0.23.2),DelayedMatrixStats(> = 1.3.4),mclust，genefilter，nlme，重塑，质量，quadprog，data.table，GEOquery，统计，grDevices，图形，utils，DelayedArray(> = 0.15.16),HDF5Array，BiocParallel |
| 链接 |
|
| 建议 |
IlluminaHumanMethylation450kmanifest(> = 0.2.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19(> = 0.2.1),minfiData(> = 0.18.0),minfiDataEPIC，FlowSorted.Blood.450k(> = 1.0.1),RUnit，消化，BiocStyle，knitr，rmarkdown、工具 |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
https://github.com/hansenlab/minfi |
| BugReports |
https://github.com/hansenlab/minfi/issues |
| 全靠我 |
bigmelon，冠军，compartmap，conumee，DMRcate，FlowSorted.Blood.450k，FlowSorted.Blood.EPIC，FlowSorted.CordBlood.450k，FlowSorted.CordBloodCombined.450k，FlowSorted.CordBloodNorway.450k，FlowSorted.DLPFC.450k，IlluminaHumanMethylation27kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylation27kmanifest，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b3.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICmanifest，methylationArrayAnalysis，methylumi，methyvimData，minfiData，minfiDataEPIC，REMP，shinyMethyl |
| 进口我 |
EnMCB，ENmix，funtooNorm，餐，肉，MethylAid，methylCC，methylumi，methyvim，missMethyl，quantro，recountmethylation，skewr |
| 建议我 |
brgedata，CopyNeutralIMA，epivizr，epivizrChart，哈曼，mCSEA，MultiDataSet，RnBeads，芝麻 |
| 链接到我 |
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| 构建报告 |
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包档案
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在R会话中使用此包的说明。
