methyvim

doi:10.18129/b9.bioc.methyvim

此软件包适用于生物导体的3.12版。该软件包已从生物导体中删除。有关最后一个稳定的最新版本版本,请参阅Methyvimdata

靶向,健壮和无模型差甲基化分析

生物导体版本:3.12

该软件包为基于可变重要性度量(VIM)的差异甲基化分析提供了设施,这是因果推断中出现的一类统计目标参数。所提供的估计和推理程序是非参数的,依靠集成机器学习来灵活地评估协变量之间的功能关系和感兴趣的结果。这些工具可以应用于CPG位点级别的差异甲基化,即使在校正了多个假设测试后,也可以获得有效的统计推断。

作者:Nima Hejazi [AUT,CRE,CPH],Rachael Phillips [CTB],Mark van der Laan [Aut,THS],Alan Hubbard [CTB,THS]

维护者:nima hejazi

引用(从r内,输入引用(“ methyvim”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ methyvim”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Methyvim”)

html R脚本 有针对性的数据自适应估计和差分甲基化分析的推断
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 聚类,,,,DNAMETHYLATY,,,,差甲基化,,,,甲基,,,,甲基化array,,,,软件
版本 1.11.0
在生物导体中 Bioc 3.6(R-3.4)(3.5岁)
执照 文件执照
要看 R(> = 3.4.0)
进口 统计,, 方法,GGPLOT2,,,,GGSCI,,,,栅格,,,,过热,,,,dplyr,,,,gtools,,,,TMLE(> = 1.4.0.1),未来,,,,dofuture,,,,S4VECTORS,,,,生物基因,,,,生物比较,,,,总结性特征,,,,GenomeInfodB,,,,Bumphunter,,,,iranges,,,,林玛,,,,Minfi
链接
建议 测试,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,生物使用,,,,Superlearner,,,,地球,,,,nnet,,,,游戏,,,,手臂,,,,, 平行,batchjobs,,,,Minfidata,,,,Methyvimdata
系统要求
增强
URL https://github.com/nhejazi/methyvim
BugReports https://github.com/nhejazi/methyvim/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 methyvim_1.11.0.tar.gz
Windows二进制 methyvim_1.11.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) methyvim_1.11.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methyvim
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/methyvim
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/methyvim/
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