methylPipe

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylPipe

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见methylPipe．

碱基分辨率DNA甲基化数据分析

Bioconductor版本:3.12

在CpG和非CpG序列背景下，记忆高效的碱基分辨率DNA甲基化数据分析。整合来自任何提供基本或低分辨率数据的方法的DNA甲基化数据。

作者:Kamal Kishore

维护者:Kamal Kishore < Kamal。Fartiyal84在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“methylPipe”)

PDF	R脚本	methylPipe.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DNAMethylation，MethylSeq，测序，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(>= 3.2.0)，方法，grDevices，图形，统计，utils，GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 0.2.0),Rsamtools
进口	marray，gplots，IRanges，BiocGenerics，Gviz，GenomicAlignments，Biostrings平行,data.table，GenomeInfoDb，S4Vectors
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，knitr，MethylSeekR
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	ListerEtAlBSseq
进口我	compEpiTools
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	methylPipe_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	methylPipe_1.24.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	methylPipe_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylPipe
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methylPipe
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylPipe/
软件包下载报告	下载数据