Methrix

doi：10.18129/b9.bioc.methrix

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅Methrix。

来自Bisufite测序的通用床罩文件的快速有效汇总

生物导体版本：3.12

Bisulfite管道生成的床弹文件通常具有各种口味。关键的下游步骤需要将这些文件汇总到甲基化/覆盖矩阵中。数据聚集的这一步骤由Methrix完成，包括许多其他有用的下游功能。

作者：Anand Mayakonda [AUT，CRE]，reka toth [aut]，Rajbir Batra [CTB]，Clarissa Feuerstein-Akgöz[CTB]，Joschka Hey [CTB]，MaximilianSchönung[CTB]，Pavlo Lutsik [CTB]

维护者：Anand Mayakonda

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ methrix”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Methrix”）

html	R脚本	Methrix教程
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	覆盖范围，，，，DNAMETHYLATY，，，，测序，，，，软件
版本	1.4.07
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（1。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 3.6），Data.Table（> = 1.12.4），总结性特征
进口	rtracklayer，，，，延迟，，，，HDF5Array，，，，BSGENOME，，，，延迟的matrixstats，并行，方法，GGPLOT2，，，，矩阵，图形，统计，utils，基因组机，，，，iranges
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，DSS，，，，BSSEQ，，，，情节，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9，，，，mafdb.1kgenomes.phase3.grch38，，，，mafdb.1kgenomes.phase3.hs37d5，，，，GenomicsCores，，，，生物弦，，，，rcolorbrewer，，，，GenomeInfodB，，，，测试（> = 2.1.0）
系统要求
增强
URL	https://github.com/compepigen/methrix
BugReports	https://github.com/compepigen/methrix/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	methrix_1.4.07.tar.gz
Windows二进制	methrix_1.4.07.zip
MacOS 10.13（高山脉）	methrix_1.4.07.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methrix
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/methrix
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/methrix/
软件包下载报告	下载统计