metavizr

DOI:10.18129 / B9.bioc.metavizr

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见metavizr

用于交互宏基因组数据分析和可视化的metaviz web应用程序的R接口

Bioconductor版本:3.12

该包为metaviz web应用程序(http://metaviz.cbcb.umd.edu)提供Websocket通信,用于宏基因组数据的交互式可视化。R/bioc交互会话中的对象可以在图中显示,数据可以使用facetzoom可视化来探索。支持基本的Bioconductor数据结构(例如,mreexperiment对象),同时提供一种简单的机制来支持其他数据结构。可视化(使用d3.js)也可以轻松地添加到web应用程序中。

作者:Hector Corrada Bravo [cre, aut], Florin Chelaru [aut], Justin Wagner [aut], Jayaram Kancherla [aut], Joseph Paulson [aut]

维护者:Hector Corrada Bravo

引文(从R内,输入引用(“metavizr”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("metavizr")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“metavizr”)

超文本标记语言 R脚本 metavizr简介
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GUIImmunoOncology基础设施宏基因组软件可视化
版本 1.14.0
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.4),metagenomeSeq(>= 1.17.1),方法,data.tableBiobase消化
进口 epivizrepivizrDataepivizrServerepivizrStandalone素食主义者GenomeInfoDbphyloseqhttr
链接
建议 knitrBiocStylematrixStatsmsd16s(> = 0.109.1),etec16stestthatgsscuratedMetagenomicData
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 metavizr_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 metavizr_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) metavizr_1.14.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metavizr
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/metavizr
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/metavizr/
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