元基因组

doi：10.18129/b9.bioc.metagenomeseq

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅元基因组。

稀疏高通量测序的统计分析

生物导体版本：3.12

元基因组旨在确定两个或多个多个样品组之间差异丰富的特征（无论是操作性族群（OTU），物种等）。元基因组旨在解决微生物群落对疾病关联检测和特征相关测试的归一化和下采样的影响。

作者：Joseph Nathaniel Paulson，Nathan D. Olson，Domenick J. Braccia，Justin Wagner，Hisham Talukder，Mihai Pop，Hector Corrada Bravo

维护者：约瑟夫·鲍尔森（Joseph N. Paulson）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ metagenomeseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

BrowseVignettes（“ Metagenomeseq”）

PDF	R脚本	Fittimeseries：通过时间或位置的差分丰度分析
PDF	R脚本	元基因组：稀疏高通量测序的统计分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	分类，，，，聚类，，，，差异性，，，，遗传因素，，，，免疫学，，，，宏基因组学，，，，微生物组，，，，多重组合，，，，正常化，，，，测序，，，，软件，，，，可视化
版本	1.32.0
在生物导体中	Bioc 2.12（R-3.0）（8年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.0），生物酶，，，，林玛，，，，Glmnet， 方法，rcolorbrewer
进口	平行，矩阵，，，，foreach，，，，矩阵，，，，GPLOTS，图形，grdevices，统计，utils，扳手
链接
建议	注释，，，，生物基因，，，，生物形式，，，，尼特，，，，GSS，，，，测试（> = 0.8），素食主义者，，，，InteractiveSplay，，，，ihw
系统要求
增强
URL	https://github.com/nosson/metagenomeseq/
BugReports	https://github.com/nosson/metagenomeseq/issues
取决于我	ETEC16S，，，，metavizr，，，，微生物塑料，，，，MSD16S
进口我	Maaslin2，，，，微生物膜
建议我	策划的元素元素，，，，InteractiveSplay，，，，门索，，，，扳手
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	metagenomeseq_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	metagenomeseq_1.32.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	metegenomeseq_1.32.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/metagenomeseq
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/metagenomeseq/
软件包下载报告	下载统计